一般的にはチョコレート嚢腫ともいわれますが、正式には「チョコレート嚢胞」というのが正しい呼び方です。嚢腫と嚢胞とは本来は異なるもので、一言でいうと前者は腫瘍性病変、後者は非腫瘍性病変という相違があります。嚢胞は「ただ液状成分が貯留しただけのもの」であるのに対して、嚢腫は嚢胞壁を形成する細胞の腫瘍性増殖（制限なしに細胞が増殖していく状態）を伴っているというところが違う、ということです。
イラストを見ながら説明しましょう。
まず異所性の子宮内膜（オレンジ色の部分）が卵巣内に存在すると、この部分でホルモンの影響を受けることによって子宮内で起こるのと同様に増殖・出血を起こすようになります。出血が卵巣内へ向かって起これば卵巣に貯留することになりますが、一時的な出血であれば身体がこれを吸収していきます。この毎月起こる出血と吸収のバランスが出血する量の方が多い方へ傾けば、次第に卵巣の中に貯留する出血は増量していくことになります。
貯留する出血が新しいものでは赤茶色で水っぽいものですが、だんだん古くなっていくと性状が泥状となり茶色に変化するため、チョコレート様になります。これがチョコレート嚢胞という呼称の由来です。またタール様に見えることから別名をタール嚢胞ともいいます。
大きくなると卵巣髄質内まで拡大し、時には卵巣のほぼ全体を占めるほどまでに腫大します。卵巣の表面の内膜症組織は周囲の組織と癒着することも多く、その多くは子宮・卵管・大腸（Ｓ状結腸、直腸）そして対側の卵巣であり、癒着がひどくなって一塊になると手術も困難となってしまいます。このような状態になったものを凍結骨盤と呼びます。
治療には一般的な子宮内膜症の治療としての薬物治療が主体となりますが、癒着を招くことが多いこと、再発しやすいこと、茎捻転の可能性などを考慮すれば、やはり外科的治療（＝手術療法）が望ましいものです。
外科的治療は本人の年齢、症状、内診や画像診断（ＣＴ、ＭＲＩなど）、血液検査などを総合判断して決定するものですが、大きく分けると
１）腹腔鏡による手術
２）開腹による手術
とに区別ができます。
開腹手術では、癒着剥離、卵巣チョコレート嚢胞部分の摘除が主となり、年齢や症状を考慮して卵巣摘除（片側または両側）、子宮全摘（または膣上部子宮全摘）などが併術されます。
腹腔鏡による手術では、癒着剥離、チョコレート嚢腫のアルコール固定術、可能であればミニラパロという小さな術創で嚢腫を摘出する方法などが考えられます。
＊＊アルコール固定術について
腹腔鏡下または膣式超音波下に穿刺針を刺入、内容を吸引し洗浄した後に、純度の高いエチルアルコールを注入して１０〜１５分留置すると、嚢腫内壁面にある子宮内膜細胞がアルコールによって固定されます（ホルマリン固定のようなものです）。ホルマリンと違ってエチルアルコールは人体には無害なものですが、アルコールがまったくダメな人には不向きな方法でしょう。
最後にアルコールを除去し、生理食塩水で洗浄して終了します。
このまま放置すると自然に嚢腫を形成していた部分は退縮し、固定された子宮内膜細胞は増殖することがありませんからこれで一応嚢腫の治療は終了となります。なお、この方法はあくまで嚢腫を「開腹せずに」治療する方法であって、根本的治療とはいえずいわば姑息的手段といえるものです。チョコレート嚢胞のみが存在し癒着がまったくなく、他に腹腔内にはまったく子宮内膜症病変が存在しない場合には、アルコール固定術のみで根本的治療といえるでしょうが、そのようなケースはまれだと思って良いでしょう。
つまりアルコール固定術はあくまで開腹しないことを目的としたチョコレート嚢胞のみを治療するための方法であり、未婚者、不妊を訴える人などに対して一時的手段として用いられる方法だと考えてもらうと良いと思います。
根本的治療にはやはり開腹手術（または腹腔鏡手術）が必要となるものと考えておいた方が良いでしょう。
